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Malgré des vicissitudes engendrées par les deux guerres mondiales, le musée n'a cessé d'accroître ses collections par des achats, des dons ou des attributions. Il est devenu aujourd'hui le dépositaire de riches collections extrêmement variées. Autour du noyau constitué par les échantillons paléontologiques, minéralogiques et zoologiques, se sont agrégées par arrêté municipal, en 1991, les collections du Musée Industriel et Commercial et en 1992, celles du Musée Moillet consacrées à l'ethnographie extra-européenne autrefois conservées au Palais des Beaux-Arts.